1990年1月5日经昭通市人民政府批准成立昭通市大山包黑颈鹤自然保护区；1994年3月31日经云南省政府批准升格为省级自然保护区，设置管理所和派出所；2003年1月经国务院办公厅《国办发[2003]5号文件》批准晋升为国家级保护区；2003年5月经昭通市机构编制委员会《昭市编[2003]3号文件》批准,建立了“云南省大山包黑颈鹤国家级自然保护区管理局”。

管理局为副处级事业单位，内设办公室、管理所、派出所（合作机构）、科研所4个机构；现有编制为公务员15人（办公室和管理所）、事业人员9人（科研所）、聘用专职巡护员20人。

（一）保护区管理局办公室

办公电话：0870-2139110

传真号码：0870-2139110

投诉电话：0870-2139110

办公地址：昭阳区枫园路35号 

职　　能：负责全局的机关内务、宣传、文秘、车辆管理以及人事、财务、档案工作；根据上级部门的安排，传达落实管理局要求的各项工作任务并负责全局的文件、信息编发等工作。

（二）保护区管理所

办公电话：0870-2139073

传真号码：0870-2139073

投诉电话：0870-2139073

办公地址：昭阳区枫园路35号 

职　　能：掌握保护区管辖范围、保护对象，搞好保护建设工作；按上级主管部门下达的各项任务，编制实施计划；认真贯彻各项保护管理制度，安排职工参加技术培训和科研活动；与保护区派出所紧密配合，切实做好保护管理工作，查处各类案件；作好周边地区的环境公众意识教育，开展社区共管，开发与保护相结合，合理利用资源。

（三）保护区派出所

办公电话：0870-2139062

传真号码：0870-2139062

投诉电话：0870-2139062

办公地址：昭阳区枫园路35号 

职　　能：贯彻执行相关的法律、法规，负责保护区内执法、治安和保卫等工作；组织保护区护鹤员、护林员开展巡护管理，对保护区所辖范围进行巡护，保护好国家Ⅰ级保护动物黑颈鹤及国际重要湿地的生态环境。与当地公安干警紧密配合，及时处理毁湿开荒、毁草开荒等违法案件。

（四）保护区科研所

办公电话：0870-2139068

投诉电话：0870-2139068

办公地址：昭阳区枫园路35号 

职　　能：开展科学研究，探索自然演变规律；与国内外机构合作，开展各种科研项目研究；对保护区野生动植物和水资源监测；负责野生动物植物引种、培育等研究工作，为合理开发利用资源提供科学依据。